Nieuwe procedure biedt mogelijkheid voor snellere diagnose dierziekte

De Wereldorganisatie voor diergezondheid (OIE) stelde eerder dit jaar een lijst op met 117 dierziekten. Voor 32 ervan geldt een meldingsplicht in Nederland, waaronder varkenspest, blauwtong, mond- en klauwzeer en vogelgriep. Voor deze ziekten liggen bij mogelijke uitbraken testen klaar om te bepalen of een dier besmet is. Soms zijn er hardnekkige ziekteverschijnselen die niet door de bekende dierziekten verklaard kunnen worden. Op dat moment treedt de diagnostische pijplijn in werking. Bedenker van de procedure is onderzoeker en hoogleraar Wim van der Poel van WBVR.

De viruskarakterisering werkt via drie stappen. Als eerste wordt een microarray-test gedaan. Via deze techniek kan men vaststellen of er geen genen (erfelijk materiaal, DNA of RN) van een virus in een monster van een ziek dier zit. Door middel van microarray's kun je de aanwezigheid van duizenden genen tegelijkertijd meten.

Als uit de microarray-test bepaalde virusfamilies naar boven komen, kan specifiek worden gekeken naar de deeltjes via een PCR-test. Van der Poel: „Met behulp van deze test wordt in één keer op 300 verschillende virussen gescreend. Voordeel van deze methode is de snelheid. Nadeel is dat deze test niet heel gevoelig is, al komen er vaak wel hits op bekende virusfamilies.”

Als het onderzoekers niet lukt om het virus in het monster te karakteriseren, is er een derde stap in de diagnostische procedure: het bepalen van de volgorde van het DNA of RNA van het virus met behulp van deep sequencing.

Snelheid belangrijk

Een groot voordeel van de diagnostische pijplijn is dat je volgens Van der Poel snel tot een karakterisering van een virus kan komen. „Toen het SARS-virus in 2003 opdook, duurde het een maand om het virus te karakteriseren. Dat gaat ons nu niet meer gebeuren. De microarray duurt een paar dagen, de PCR-test kan je in een paar uur afronden en met deep sequencing kunnen we een virusbepaling realiseren binnen een week.”

Toch moet de onderzoeker constateren dat hij samen met zijn collega's, ondanks dat hij virussen dicht op de huid zit, altijd achter de feiten aanloopt. „We kunnen virussen natuurlijk pas detecteren en karakteriseren als ze zich voordoen. We doen al heel veel om de bepalingen sneller te maken, maar het kan altijd sneller. Ik ben nog niet tevreden met een viruskarakterisering die een week duurt.”